Intersindical Canaria se funda en 1994, tras varios años de funcionamiento como Mesa Nacional hacia Intersindical Canaria, con la confluencia de la Confederación Autónoma Nacionalista de Canarias (CANC), el Sindicato Obrero de Canarias (SOC), la Confederación Canaria de Trabajadores (CCT), el Sindicato de Trabajadores de la Enseñanza de Canarias (STEC) y el Sindicato Canario de la Salud. Una vez puesta en circulación pronto se unirán otras organizaciones sectoriales.

Desde nuestra fundación nos hemos caracterizado como sindicato de carácter sociopolítico, vinculando la lucha por el socialismo con el avance hacia la liberación nacional. Este planteamiento sigue siendo determinante y firme. En este proceso Intersindical Canaria no puede renunciar a la lucha por mejorar las condiciones de vida de las clases trabajadoras, lo que exige, a su vez, cambios profundos en los ámbitos político, económico, social y cultural, que lleven a una redistribución de la riqueza en beneficio de la mayoría, que avance hacia a la diversidad y la calidad del empleo, a la mejora de la sanidad, la educación, las políticas fiscales y los servicios sociales. Esto sólo será posible con el cambio del modelo de relación Canarias-Estado, tal como la práctica  ha demostrado.

Es de vital importancia la materialización de nuestra reivindicación de un Marco Canario de Relaciones Laborales.

La existencia de tal Marco implicaría el reconocimiento de la soberanía de las instituciones y los agentes sociales canarios para aplicar una política laboral y social propia, el desarrollo fluido de la lucha de clases en Canarias en función de su propia correlación de fuerzas y no mediatizada por las posiciones agresivas del capital español e internacional  y de los sindicatos españolistas,  así como la existencia de instrumentos jurídicos, políticos y administrativos propios, que hagan posible el desarrollo de una política laboral y de empleo centrada en nuestras propias necesidades y en los intereses globales de la nación.Esta reivindicación, vinculada a la exigencia de desmilitarización, de un estatuto de neutralidad y la defensa de nuestro ecosistema tienen carácter estratégico y son básicas para el avance en la construcción nacional.Junto a las mencionadas son señas de identidad, Intersindical Canaria se define como un Sindicato de carácter asambleario y autogestionario, feminista y solidario.

La implantación del sindicato en el archipiélago canario ha crecido lenta y progresivamente, actualmente cuenta con aproximadamente 1.200 delegados y el 12% de la representatividad. Siendo mayoritario en las administraciones públicas, destacando su presencia mayoritaria en muchos ayuntamientos incluido el de Las Palmas de Gran Canaria, con fuerte presencia en Salud, en Educación donde el STEC- Intersindical Canaria es fuerza mayoritaria, y en Justicia. Es fuerza mayoritaria también en Transportes en Tenerife fundamentalmente.

En los últimos tiempos su línea abiertamente crítica con los gobiernos estatal y de Canarias, sumado a su rechazo abierto al rol que juegan los sindicatos españoles UGT y CCOO han llevado a Intersindical Canaria a protagonizar constantes movilizaciones que incluyen la convocatoria por separado de la última huelga general del 29 de septiembre de 2010 y a la confluencia de acción a partir del 2011 en diversas movilizaciones contra la reforma laboral y de pensiones, con sindicatos del arco alternativo como el FSOC, CNT, Convergencia Sindical Canaria, CGT,COBAS y USO.

Intersindical Canaria forma parte además de la Federación Sindical Mundial (FSM).